創聖紀0011年、地球。
機械天翅「アクエリオン」を有する地球再生機構は、伝説の戦士「太陽の翼」再臨の予言を受け、探索を開始する……。
人気を博したTVアニメ「創聖のアクエリオン」が、遂に河森正治監督の新アイデアにより生まれ変わって単行本化！

一万二千年前の大戦で封印された、人類の天敵「堕天翅(だてんし)」が再び復活。
堕天翅に対抗するアポロ達は、機械天翅「アクエリオン」に搭乗して必殺技「無限拳（パンチ）」で、敵を月まで貫く。
しかし、そこから謎の黒いベクターマシンが現れて───!?

謎の美少女ニースは、地球再生機構ディーバに加入し、アポロたちスクール生と特訓を通じて心を通わせていく。
そんな中、堕天翅側前線司令官の頭翅（トーマ)が襲来、アポロを取り込もうとするが、ニースが過去の記憶に触れたことで、事態は大きく変化していく――！

親友を亡くしたアポロはディーバを離れてしまうが、シルヴィアとニースが追いかけていく。 なんとか音翅を撃破したディーバだったが、そこに軍部の影が迫り――。

森に籠ったアポロを追うニースとシルヴィア。出会った3人は、そこでニースの持つ「未来の記憶」に触れる。
記憶を取り戻したニースは、強い意志を持って歩み出し、シルヴィアはアポロに手を差しのべるのだが、そこに復讐に燃える両翅(もろは)が迫り――!?

怒れる戦闘翅「両翅」の猛攻を必殺技「無限交差拳」で退けたアポロたち。 しかし、強攻型アクエリオンを実戦投入した新国連軍は、 更にパイロットとしてニースたち堕天翅を得て……!? 堕天翅とディーバ、そして新国連軍の最終決戦が始まる……！
ゴールドアクエリオンも登場、感動の最終第6巻！